Daihatsu Xenia 1.000cc diperkenalkan oleh PT Astra Daihatsu Motor (ADM) sebagai alternatif dari varian yang memiliki mesin 1.300cc. Namun, varian Daihatsu Xenia 1.000cc ini hanya hadir pada generasi pertama Xenia dan kemudian dihilangkan oleh ADM. Xenia pertama kali diperkenalkan pada tahun 2003 di Jakarta dalam acara Gaikindo Auto Expo. Setahun setelahnya, Daihatsu Xenia telah terjual hingga 100 ribu unit mobil, menjadikannya bersama dengan Toyota Avanza sebagai Mobil Sejuta Umat. Pada generasi pertama, Daihatsu menawarkan Xenia dalam tiga tipe, yaitu Mi, Li, dan Xi. Tipe Mi dan Li menggunakan mesin 1.0 liter, sementara tipe Xi menggunakan mesin 1.3 liter, dan semua varian ini menggunakan transmisi manual 5 percepatan. Daihatsu juga menawarkan Xenia dengan berbagai aksesoris Daihatsu Genuine Accessories (DGA) untuk setiap tipe utama, seperti paket Plus, Deluxe, Family, dan Sporty.
Pada tahun 2009, Xenia generasi pertama mengalami facelift pertamanya, dimana Daihatsu meluncurkan Xenia dengan transmisi otomatis 4 percepatan untuk pertama kalinya. Facelift berikutnya terjadi pada tahun 2008 dan 2009 dengan perubahan pada bagian eksterior dan interior. Daihatsu Xenia gen 1 dengan mesin 1.000cc merupakan tipe paling terjangkau yang hadir dalam tipe Li dan Mi. Xenia Mi merupakan varian paling dasar yang minim fitur unggulan dan ditujukan untuk segmen fleet sebagai mobil operasional perusahaan yang membutuhkan kendaraan bandel, murah perawatannya, hemat bahan bakar, dan nyaman untuk transportasi harian maupun perjalanan keluar kota.
Harga bekas Daihatsu Xenia 1.000cc generasi pertama saat ini berkisar mulai dari Rp70 jutaan tergantung kondisinya. Meskipun memiliki kelebihan, ada beberapa kekurangan yang perlu diperhatikan sebelum membeli mobil ini. Beberapa kekurangan tersebut antara lain getaran mesin yang terasa di dalam kabin saat mesin menyala dan penggunaan timming belt untuk menggerakan crankshaft dengan camshaft, yang memerlukan penggantian berkala. Selain itu, Xenia 1.000cc hanya tersedia dengan transmisi manual dan tidak dilengkapi dengan power window di semua jendela serta beberapa fitur modern lainnya. Meskipun menjadi pilihan yang populer di kalangan konsumen Indonesia, Daihatsu Xenia 1.000cc memiliki beberapa kekurangan yang perlu dipertimbangkan sebelum membelinya.
