Karier Seto Nurdiyantoro di dunia kepelatihan terbilang cukup lumayan. Sebagai sosok kelahiran Yogyakarta, Seto memang banyak menghabiskan kariernya di Kota Pelajar. Baik sebagai pemain maupun pelatih.
Seto Nurdiyantoro sering bolak-balik menangani dua tim Yogyakarta yakni PSS Sleman dan PSIM Yogyakarta. Prestasi terbaiknya, yaitu membawa PSS menjadi kampiun Liga 2 2018 dan promosi ke Liga 1 2019. Lantas, pada musim 2021, Seto juga nyaris membawa PSIM promosi ke Liga 1.
Selain memperkuat tiga klub Yogyakarta: PSS, PSIM, dan Persiba Bantul, Seto pernah membela Pelita Solo pada 1996 ketika masih aktif bermain. Dia juga menjadi bagian Timnas Indonesia yang finish sebagai runner-up Piala AFF 2000 serta ikut berpartisipasi di Piala Asia 2000.
