Pelatih kepala Timnas Indonesia, Patrick Kluivert, memutuskan untuk memanggil Stefano Lilipaly sebagai bagian dari timnas. Hal ini didasari oleh penampilan terbaru sang pemain yang mengesankan. Stefano Lilipaly baru saja kembali memperkuat Borneo FC dalam pertandingan terakhir pekan ke-32 BRI Liga 1 2024/2025. Di pertandingan tersebut, ia turut mencetak gol dalam kemenangan 3-2 timnya melawan Madura United.
Setelah absen karena cedera, Stefano Lilipaly akhirnya kembali bermain. Cedera sebelumnya membuatnya absen dalam tujuh pertandingan terakhir di BRI Liga 1 2024/2025 sebelum kembali beraksi akhir pekan yang lalu. Penampilan terakhirnya sebelum cedera hanya berlangsung selama 17 menit ketika berhadapan dengan Persita pada 22 Februari 2025. Sejak saat itu, ia absen dalam pertandingan melawan tim seperti Persis Solo, PSBS Biak, Dewa United, Persib Bandung, PSM Makassar, PSIS Semarang, dan Persija Jakarta.
Secara total, Stefano Lilipaly telah mencetak lima gol dan memberikan empat assist dalam 22 penampilan bersama Borneo FC sepanjang musim ini. Pelatih Timnas Indonesia memiliki alasan kuat untuk memanggilnya kembali ke timnas setelah penampilan yang impresif ini.